健康的土壤對於持續性農業與作物生產是必要的。雖然我們對土壤健康的含義有一個大致的了解，但很難定義。定義包括土壤的物理，化學和生物特性方面。
農業生產是一種破壞性的人類活動，種植單一種作物會逐漸很細微的改變土壤特性，維持土壤處於最佳狀態需要謹慎的處理與保護。
一、化學特性
土壤pH值可能是健康土壤最重要的屬性之一。土壤酸度對於微生物的族群與分佈相當重要。酸性土壤會降低產量，最好加入石灰質來解決。施用銨鹽或尿素肥料時，會逐漸降低土壤的pH值，當土壤低於pH 5以下時，微生物的生物量會降低。然而當pH保持接近中性時，施用氮肥對於年度栽培環境下的微生物量沒有長期的負面影響。
二、物理特性
土壤壓實會對土壤健康造成破壞，尤其是田區操作的重型設備。當土壤健康，會促進根部生長，恢復養分與水分，當根系進入土壤中，能增加土壤的磷有效性。土壤團粒性越來越受到重視，而根系製造的通道亦會對水的滲透率作出重要貢獻，能促進土壤並減少土面的徑流(沿著地面流走的水)。
三、生物特性
氮肥對於微生物的族群影響很小，除了硝化作用會產生土壤酸性。不過有新文獻顯示，氮肥的使用可能會促進微生物族群的增加，這可能是因為投入氮肥會增加生物碳的含量(因為生產力提高)。但與自然系統中的觀察相比，一年生作物的氮肥使用會降低微生物的生物量。
有機肥的施用會大量的增加土壤微生物量與多樣性，而單純使用無機肥料會增加特定的微生物酵素活性，因此有機肥與無機肥料的使用對土壤微生物的健康最有利。
施用肥料並非完全對土壤產生不利影響，如果管理得當，添加肥料會刺激植物生長，增加更多的植株殘體返回土壤，而作物也能覆蓋保護土壤，也能為有益微生物在根系提供居所。
資料來源：http://www.ipni.net/publication/pnt-na.nsf/0/D1FD6BDA84B8C179852582BB0056B308/$FILE/PNT-2018-Summer-04.pdf