農業生產中，優良的土壤代表有足夠的水分和養分。當植物根部分泌土壤生物所需物質，以及微生物分解植物殘體都能餵養土壤微生物，而這些土壤微生物會支持植物健康、促進養分的循環、優化土壤結構、抑制土壤病蟲害，有益農業生產。以下簡介土壤生物的重要性與健康土壤的特性。
微生物、蚯蚓與昆蟲在吃入植物殘體與有機肥時，同時吃入營養元素，會參與養分循環。蚯蚓身上的黏液與土壤中的真菌與細菌所分泌的物質，可以讓土壤顆粒更好。蚯蚓糞因為含有土壤、礦物質、腸道黏液，土壤的團粒性會比周遭土壤更加緊密，土壤團粒間的空隙更大，土壤和水份更容易流通，也有助於提供植物營養、分解汙染物與維持土壤結構。
已知土壤生物有助於土壤健康，而增加土壤生物族群的方式包含：減少翻耕頻率、維持植物殘體含量、提供土壤生物食物來源。土壤有機質的循環是指植物體或其他有機物返回土壤後被分解，轉化為簡單有機與非有機物質，而這個分解過程可以活化土壤生物生長的活性，並將這些有機物循環到土壤中。
有兩個重要過程透過土壤生物影養土壤形成與肥沃程度：
一、腐植化：
有機質的分解除了分解成小分子，也會聚合成更複雜的有機分子─腐植質，而這個過程稱之為腐質化。腐植質影響土壤特性，隨著分解進行，土壤顏色慢慢變深，並增加土壤的聚合與穩定性，增加土壤保留養分的能力。
二、礦化作用：
當土壤微生物持續分解這些大分子或殘體，釋放出植物可利用的營養元素。
上述兩個功能，會利用與形成兩大類物質：腐植質物質與非腐植質物質。土壤中的腐植質物質能加強土壤養分的保留、維持、利用，減少重金屬與化學藥劑的危害，能減少土壤酸化及增加緩衝能力。腐植質中的腐植酸能透過營養與生理的作用，刺激植物生長，也能改善土壤結構，增加保水、保肥與透氣能力。
土壤中含有的非腐植質類的物質，包含從殘體細胞中蛋白質、胺基酸、醣類與澱粉，這些是土壤生物的主要食物來源。碳水化合物包含簡單醣類或長鏈醣類存在，其中多醣(長鏈醣類聚集而成)可以將土壤粒子聚集，形成土壤顆粒，而越重的多醣可能對團粒穩定性與水分滲透而言更重要。而某些多醣種類也有機會促進種子萌發與根部發育。土壤中的氮接近九成是以核酸、胺基酸、胺基醣存在，而很少部分以NH4+的形式結合在黏土粒子上。
因此當土壤中持續投入耐分解的有機質，持續提供土壤生物所需的養分，維持土壤生物的活性，就能保持耕地土壤的健康：
1. 有效分解有機物質變成腐植質(組成土壤的主要成分)
2. 保留氮與其他養分
3. 使土壤變成最佳結構
4. 保護根部避免病蟲害
5. 保留植物可用的營養
6. 產生可促進植物生長的賀爾蒙
7. 保留水分
資料來源：
http://www.fao.org/docrep/009/a0100e/a0100e05.htm#TopOfPage