有益微生物幫助植物吸收土壤營養與水分，且吸收效率比植物根部更快，是植物第二個根部系統。透過協助吸收與傳遞養分，根圈有益微生物從植物換取生長所需的醣類。近年來研究人員開始研究如何利用這些益菌為現代農業帶來利益。微生物雖然不若化學物質能夠預測，然而了解越多越能夠促進土壤健康與提高種植效率。而土壤的健康狀況與益菌一樣重要。
「智慧輪作」是能夠保護並促進土壤益菌的概念，藉此提高產量與增進土壤健康。當休耕或種植無法與菌根菌共存的作物(如油菜等蕓籉屬植物)時，種植能夠維持足夠多菌根菌的覆蓋作物相當重要。另外深耕亦會破壞長絲狀菌根，而菌根是真菌吸收土壤養分的器官。當施用農業有益的菌根菌至作物或覆蓋作物，能改善土壤的不平衡狀態。輪作豆科作物或亞麻與禾本科作物也能支持土壤益菌。
最有效率導入土壤益菌的方法之一是種植覆蓋作物。菌根管理也應成為改善土壤長期健康的策略之一，但這需要數年的時間。而當要額外接種菌根菌時，能選擇在種植非土壤益菌作物後再適時接種一次。
植物促生根圈細菌(plant growth-promoting rhizo-bacteria, PGPR)能夠固定大氣中的氮，並且釋放被土壤固定的磷，能與菌根真菌聯合作用，加速植物吸收養分。另外，此類細菌還能支持強健的植物免疫系統，更能產生植物激素，如生長素與細胞分裂素，幫助植物生長發育。因此當缺少肥料與水分，良好的根圈菌相系統能增加根部吸收的表面積。
資料來源：https://www.fginsight.com/news/news/managing-mycorrhizae-for-a-microbiological-boost-62752