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台灣禽流感疫情肆虐逾月，全台一半縣市淪陷，超過800場養禽場淪陷，死亡加撲殺近500萬隻雞鴨鵝，是台灣有史以來疫情最嚴峻的一次，農委會主委陳保基表示，未來水禽養殖，勢必走上室內養殖一途，否則每年候鳥來都有染禽流感風險，一直撲殺沒有意義。
陳保基指出，此波疫情造成全台家禽產業損失的金額，初估至少15億元，未來家禽產業重建，水禽、陸禽一定要盡量避免開放式養殖，才不會接觸到野鳥，否則每年候鳥度冬，台灣養禽場沒有做好防疫措施，水禽鴨鵝和候鳥共處一室，造成病毒傳播，疫情將永無中止。
陳保基指出，歐洲遇到候鳥季節時，水禽全部不能出去，一定要關在室內，台灣也有一些室內養殖場，未來研擬強制規定水禽復養，須輔導禽農轉型室內養殖，目前沒有時間表，雖然不是一朝一夕可完成，但一定要朝此方向去推行。
他舉例，宜蘭養鴨中心就有很多室內養殖禽場，「但室內不代表密閉」，還是可以通風，另有一部分鵝場是水簾式養殖，布簾可以拉起來，但外層有很細的圍網，可以隔離與候鳥的接觸，特別是候鳥度冬熱區，例如這次雲林、屏東、彰化等好發區，最好要轉型。
但他指出，並非室內養殖就不會感染禽流感，國內農民自主防疫的概念較薄弱，例如南部鵝農通報染疫後，鄰近養鵝禽農還會來串門子，「來看看你家的鵝怎麼死這麼多」，因為消毒沒做好，沒隔幾天，自己的鵝場也中鏢了。
陳保基表示，為了更快速防堵疫病，農委會將在立法院下個會期、3月時提出修法，把動物重大疫病納入《災害防救法》，當疫情嚴峻、緊急狀況發生時，快速動員國軍、排除掉許多跨部會溝通的障礙，就能加速防疫的腳步。
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