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為防範風災後，畜牧場環境病原滋生，台南市府動保處動員人力展開消毒防疫工作，也呼籲各牧場加強清潔消毒，以確保避免發生疫情而造成損失。若發現動物有任何異狀或發生疫情，應立即向動保處通報。
動保處表示，至8月14日止，畜禽損失受災戶計50戶，畜禽損失67119隻，其中，鹿1戶3隻，豬3戶64隻，鴨5戶4400隻，雞41戶62652隻。死亡畜禽送往化製場化製處理。動保處已協助轄內畜禽場完成消毒防疫工作共計95場次。
動保處表示，遭受風災動物因淋雨、緊迫、泡水或飲用不潔飲水後，可能衍生相關疾病的問題，包括禽隻需注意新城病及呼吸道問題，豬隻需注意豬丹毒、沙門氏菌及放線桿菌胸膜肺炎，牛隻需注意牛流行熱及類鼻疽，所有動物亦需特別防範寄生蟲感染。
動保處表示，近期登革熱疫情升溫，提醒養畜禽戶，儘速清除場內容器積水，防範病媒滋生，並加強畜禽舍消毒，保持飼料乾燥及疾病預防工作，以避免傳染病及登革熱疫情，斃死動物屍體需依規定送化製場進行處理，不得流入市面。若發現動物有任何異狀或發生疫情，應立即向動保處通報，服務專線：06-6323039。
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