為強化農業廢棄物再利用，農農委會研擬修正《農業事業廢棄物再利用管理辦法》、《申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法》等相關規定，讓廢棄物可製成燃料，或協助發酵增加沼氣生成量，解決農業廢棄物能資源化的限制及用地問題。
農林漁牧業初級生產活動下所產出的廢棄物，多為動植物性殘渣，目前再利用方式大部分以現地、集中堆肥，或作為飼料原料、直接餵飼畜禽動物等，但農委會指出，部分農業廢棄物燃燒熱值及燃燒效率高，且燃燒時產生的污染低，具有製成廢棄物衍生燃料（refuse derived fuel, RDF）的潛力，亦或混摻於厭氧處理過程中進行共發酵，可增加沼氣生成量等。
農委會說，但現行《廢棄物清理法》第39條授權訂定的《農業事業廢棄物再利用管理辦法》中，並無此類再利用用途，因此預計修法，於禽畜糞、菇類培植廢棄包、畜禽屠宰下腳料、斃死畜禽、果菜殘渣與花卉殘株及栽培介質等廢棄物項下，增列再利用為再生能源的原料或燃料等。
此外，現行《非都市土地變更作專案輔導畜牧事業設施計畫審查作業要點》中已列有廢水處理場、代處理堆肥場等設施來處理畜牧場產生的禽畜糞尿，但變更土地使用等程序，有所侷限。
為加速並就近將廢棄物轉換為再生資源，農委會研擬修正《申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法》第23條規定，將「禽畜廢尿資源化設施」列為畜牧設施類別之一，協助地方政府解決畜牧場污染及相關設施用地問題。