對於部分動保人士表示農委會要用 12 億元增建 27 間收容所，以人道處理更多動物，農委會嚴正駁斥，並澄清該項公共建設計畫係為改善現有公立收容所硬體不良、缺乏檢疫隔離空間等問題，對於該等人士未經洽詢相關計畫詳實內涵，即逕自錯誤解讀並在網路散布不實訊息，該會表示非常遺憾。
建立友善、健康收容環境可增加被認養機會
農委會指出，現行各公立動物收容所多在 88-91 年間設置，因硬體及環境限制，疾病傳染問題難控制，且不易吸引更多民眾參訪認養。為了讓更多收容動物被認養，農委會爰規劃協助 21 縣市改建現有動物收容所，或整併鄉鎮型簡易收容所改建為單一縣市級動物收容中心，以使收容設施符合動物福利及建立隔離檢疫動線，讓收容動物處於更健康、友善的環境，也讓更多民眾願意常常參訪，以提高收容動物找到第二個家獲得終身妥善照顧的機會，得到真正的幸福。
動物收容制度亦為先進國家處理流浪動物問題的方法
對於部分動保人士表達不要收容所，全面以 TNR （誘捕 Trap 、絕育 Neuter 、放回 Release ）處理流浪動物的訴求，農委會表示，該會瞭解部分民眾不忍心收容動物在無人認養情況下被人道處理，但政府處理公共事務須負責任的從整體國人公共環境安全、生活品質、財政條件、措施可行性與效果等各面向通盤考量，且以 TNR 處理流浪犬，在國際間長期存有爭議，目前施行的案例主要是國際動物保護組織在印尼、印度、羅馬尼亞等國家的小部分區域執行，並有國外報告量化研究分析指出， TNR 難有效降低流浪動物族群數量。
農委會特別說明，絕育野放犬隻因其動物行為本能，在活動區域追逐或攻擊人車、導致車禍、攻擊畜禽、野生動物、環境污染、群聚吠叫等問題不會因為絕育而改善，國人是否有共識、願意接受政府以 TNR 處理流浪犬而容忍前揭風險，該會要向社會大眾清楚說明，政府不能僅考量動物生命而將流浪犬衍生的問題留給民眾承擔。農委會另指出，我國現行作法與美、日等國相同，即收容流浪犬、推廣認養、在收容空間不足，基於不讓動物在過度密飼的惡劣環境生活而不得不施以人道處理，而且該會也致力於提升認養率以降低人道處理率。
近年收容動物認領養數量持續增加、人道處理數量持續減少
農委會表示，為了降低人道處理率，該會結合地方政府及動保團體，共同推廣民眾認養收容動物，依近 5 年的統計數字，認領養率自 98 年 13.7% 提升至 99 年 17.6% 、 100 年 20.4% 、 101 年 28.7% 及 102 年 (1-10 月 )38.9% ，而人道處理率自 98 年 73.1% 降至 99 年 63.2% 、 100 年 57.9% 、 101 年 50.1% 及 102 年 (1-10 月 )42.0% ，確呈逐年改善現象。
農委會也指出，目前在立法院審議的「動物保護法」部分條文修正草案，新增飼主原則應為所養犬隻節育，不可放任繁殖而不管理，並加重棄養寵物罰則及設置棄養檢舉獎金等多項規範，期正本清源及符合社會整體公平正義，而非持續付出國家寶貴財稅資源處理不負責任民眾所造成之流浪犬問題。
政府長期重視絕育工作 103 年度將推動三合一及多元化認養方案
農委會表示，中央與地方政府一直都重視源頭減量的絕育推廣工作，近年中央與地方政府每年投入約 6 千餘萬預算推廣犬貓絕育。另該會指出，在偏鄉、山區等區域，因民眾飼養犬隻習慣放任在外自由活動，且獸醫師資源相對較缺乏，飼主為動物絕育可能性較低，又因地理特性容易成為民眾棄養犬隻的地點，致易發生流浪犬群聚情形。故該會規劃於 103 年度將針對偏鄉及山區執行三合一方案，為犬隻同步植入晶片辦理寵物登記、絕育並施打狂犬病疫苗，使政府有限資源能達最佳效益。
農委會也指出，該會規劃於明年起結合地方政府及動保團體推動多元化認養方案，以認養送嫁妝、隔年回娘家再加碼的構想，提供免費狂犬病疫苗、絕育補助等優惠措施，鼓勵民眾認養收容動物。該會再次呼籲民眾以認養代替購買，您對收容動物一點點小小的關懷，可能就會改變牠的一生，各地收容所都竭誠歡迎您的蒞臨！
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